Prave potvrde o postojanju franjevačkog samostana u gradu na Dravi u predtursko doba nisu povijesno utemeljene. Doduše, tradicija iz toga doba spominje franjevce u obližnjem selu Antinu, ali stvarnih dokaza o postojanju franjevačke kuće u tom mjestu nadomak Osijeka do današnjih dana nema. Nakon poraza Turaka pod Bečom 1683. i pobjede kršćanske vojske kod Nagy Harsanya 18. kolovoza 1687. oslobođena je Slavonija, a tako i Osijek u koji su se odmah nastanili franjevci. Smjestili su se i ostali do danas u najstarijem dijelu grada Osijeka, u Tvrđi.
Kroz desetak godina Franjevci u Osijeku boravili su u vrlo siromašnim uvjetima. Imali su siromašan stan, u koji je još 1687. uselio o. Simon iz Bača. Sredstva za izgradnju većeg zidanog samostana nisu imali, a do 1692. nisu ni vremena bila još smirena i sigurna. Nastojanjem o. Pavla od Rame franjevci 1699. počinju gradnju izvornog samostana s dva krila – istočnim i južnim – u obliku slova L. Gradnja samostana trajala je do 1705. godine. Godinu dana kasnije, po kratkom postupku, samostan je i formalno uspostavljen. Gvardijan o. Petar Osječanin samostan je proširio, a o. Martin Osječanin ga je 1731. godine podigao na dva kata.

Godine 1733. Franjevci su na zemljištu južno od Klanca, kojeg su dobili na dar od ratne Komore, počeli graditi novi samostan. Nakon što su otklonjeni neki problemi, gradnja je nastavljena 1752.- 1757. Posve je završena 1761. godine. Novi samostan je povezan nadsvođenim lukovima s istočnim krilom stare samostanske zgrade i dograđenim hodnikom sa stepenicama uz sjeverni zid crkve kojim se tako omogućava dolazak na tada izgrađeni kor.
Ovaj samostan su Franjevci 16. lipnja 1786. godine morali prepustiti vojnim vlastima za oružanu i preseliti se u isusovačku rezidenciju uz župnu crkvu sv. Mihaela arkanđela na Jezuitskom trgu (današnjem trgu Jurja Križanića). U sadašnje prostore su Franjevci uselili 1938. godine nakon zamjene isusovačke rezidencije za zgradu ondašnjeg državnog ministarstva obrane u Franjevačkoj ulici (danas Trg Vatroslava Lisinskog).

Samostan i franjevačka crkva, spomenici najviše kulturne i vjerske vrijednosti kao i čitava osječka Tvrđa, u vrijeme Domovinskog rata 1991. i 1992. znatno su oštećeni izravnim pogocima više projektila. Nanesene su velike materijalne štete. U cijelosti je stradalo krovište samostana, urušeni su stropovi nekih prostorija, a popucala su i stakla na crkvi. Krhotine granata oštetile su pročelje crkve i djelomično crkvenu unutrašnjost s inventarom. Zbog tih golemih oštećenja cjelovita obnova pročelja i unutrašnjih zidova samostana i crkve traje i obavlja se još i danas u prvom desetljeću 21. stoljeća.